虽然ERP系统可以跨地区、跨部门整合实时的信息系统，实现了企业内部资源的整合；且数据在各个业务间实现了共享，保证了数据的一致性，还对企业的业务流程的优化实现了业务流程的自动化；也有助于促进企业间的互动；但同时在使用ERP软件时也会出现一些问题：
(一)企业财务管理基础薄弱。虽然我国经济正处于上升期，但毕竟发展历史相对较短，欧美经济市场经济稳定，同时在此基础上有了健全的财务管理体制，使财务管理走向规范化。对于国内大多数企业的管理行为混乱，没有固定的管理体制和模式。在业务方面，由业务产生的信息和数据的收集是片面的、不完整的和滞后的，而且由于经济系统的发展时间短，在一定程度上也缺乏基本的财务数据。但在具体的企业管理方面，也没有适当的合理方法，与使用了 ERP系统的外国企业相比，管理基础薄弱。
(二)传统财务系统与 ERP系统的关系处于难搞的形式。传统财务软件在财务方面的功能非常完善，但缺点是只能对财务信息进行会计处理，而 ERP系统不同，它不仅包括财务管理模块同时还涵盖了企业其他业务的管理模块。目前，企业资源规划软件的实施将涉及将大量数据和信息从财务软件和报表凭证转移到企业资源规划软件系统，这种大量信息的转移在一定程度上将导致数据丢失和秩序混乱。
(三)财务人员素质不足。与传统的财务人员财务管理模式相比，ERP系统对财务人员有更高的要求。由于我国财务管理知识的滞后，财务人员在很长一段时间内不能充分掌握新的财务管理知识，导致财务人员自身对财务管理理念的认识滞后，知识掌握不及时、不准确，不能使自己的知识和技术适应当前的财务环境，使企业在这些因素的影响下发展缓慢。
(四)金融体系不一致。在我国 ERP软件发展的20多年中，我国企业对 ERP软件的需求逐渐增加，同时国外的 ERP软件也看到了中国市场的巨大前景。在双方争夺中国市场的背景下，由于ERP软件在欧美企业中的成功，国内企业更加青睐国外ERP软件，而一些企业在管理上存在问题，盲目地与国外企业对比，帮助解决ERP系统中的经验问题，没有考虑实际情况，使ERP系统的应用效果与想象的结果有所不同。
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